昆仑3的剧情自然是延续的昆仑1、2，不过分成了两段，第一段就是姬禅被神秘人救走，这个神秘人的真正身份其实就是玄武，也就是传说中的张三丰，不过他现如今的名字叫做秦。
原来在被封印后，玄武有一部分的神魂复生在了秦氏一族，秦就是他的分身或者说转世，不过是残缺的，这也是秦一直不能晋升为星际级成为真神的原因。
玄武是双法则的星际级高手，属于中位神这样的存在，拥有一阴一阳两种法则，秦是阳系法则转世，这也是秦在雷神3才拥有了堪比神氏的力量，可惜还没彻底消化便被灭霸一拳打爆。
不过秦并没有真正的死去，因为封印被破除，阴系法则跟真身解封，这是完整的玄武，虽然少了阳系法则，不过仍是下位神的存在。
所以玄武救下了姬禅，并传授他阴系法则，让他成为了接近星际级也就是真神的超级高手。
同时还收服了第一部出现的两个岛国美女高手，这两个是一个是岛国三大忍者流派不知流的火系变种人不知火舞（武井咲饰演），一个是岛国的偶像艺人，同时是空间变种人的麻宫雅典娜。
她们两个原本只是3级变种人。
在漫威世界变种人共分为alpha、beta、delta、epsilon、gamma、omega级，也就是希腊语里的第一、第二、第三、第四、第五个字母和终极的意...
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